少年时即与歌德交往,受其思想影响。后赴英、奥、法、意等国演奏。
1829年他十九岁时不顾当时音乐权威的反对,亲自指挥演出巴赫(J.S. Bach)的《马太受难曲》。这是巴赫死后79年第一次被公开演出,由于这次的演出,使得大家开始注意巴赫,而巴赫的音乐也逐渐在世界各地的音乐会中被演出。
门德尔松于1835年受邀担任莱比锡布商大厦管弦乐团(Gewandhausorchester Leipzig)指挥,1837年与塞西尔·夏洛蒂·索菲亚·让雷诺(Cecile Charlotte Sophia Jeanrenaud)结婚,育有三子二女,之后在1842年他协助舒曼成立莱比锡音乐学院,门德尔松为首任校长,这所学校后来成为欧洲重要的音乐学校之一。
1846年的门德尔松的健康状况已经出现问题,而次年他心爱的姐姐过世更让他深受打击,导致健康状况更加恶化。1847年10月他突然中风,11月4日在莱比锡去世,享年38岁。
门德尔松的姐姐范妮·门德尔松也是作曲家。