新疆师范大学音乐学院目前是新疆维吾尔自治区高校音乐专业唯一的硕士授权单位。学院下设音乐教育系、音乐表演系、舞蹈教育系和大学音乐教研部。学院建有杨鸿年合唱艺术研究中心、迪里拜尔声乐艺术研究中心和木卡姆艺术研究中心及新疆新师艺术实践有限公司，新疆新师艺术培训中心。学院现有教职工78名，其中教授5名，副教授22名，在院硕士及本专科学生1100余人。
音乐学院现任院长张欢教授，书记买买提·艾沙，副院长崔斌副教授，副院长付晓东副教授，副书记王晓群副教授。
音乐学院聘请了包括严良堃、于润洋、杨鸿年、樊祖荫、迪里拜尔、金湘、陈铭道、管建华、王蕾、宋学伟、何晓兵、项阳等十几位国内外著名艺术家和学者长期担任客座教授。
音乐学院合唱团1999年7月在意大利第38届“赛格希兹”国际合唱比赛中获得三项第一名，并多次承担国家级大型演出任务，曾应文化部邀请成功的在北京、厦门等地举办多场艺术歌曲示范音乐会、中外名曲合唱之夜音乐会;学院手风琴乐团2000年6月在澳大利亚、新西兰国际手风琴比赛中获八项赛事中的七项第一名，在2002年8月“中国？天津国际手风琴艺术节”中获得合奏第一名及重奏第二名，2004年10月在青岛举行的全国手风琴汇演大赛中获得重奏组金奖和独奏2个银奖及1个铜奖的好成绩。该院司红军同学在第10届全国青年歌手大奖赛美声组获得第二名。2005年11月该院舞蹈专业学生赵勤、马勇在中国“荷花杯”舞蹈大赛中获得“个人十佳”及优秀表演奖。学院教改课题《在艺术实践中实施素质教育》获自治区级教学优秀成果特等奖，国家级教学优秀成果二等奖，2001年国家教育部授予新疆师范大学音乐学院“全国学校艺术教育先进单位”。
音乐教育系
音乐教育系为新疆师范大学音乐学院的主要系部，从事音乐学音乐教育专业、民族音乐学专业相关的教学与科研工作，招生与教学对象为音乐学专业大专、本科学生，课程涵盖音乐基础理论、作曲技术理论、音乐史论、民族音乐学理论、音乐美学理论以及计算机音乐等领域，主要任务是为中等学校及以上层次的教学机构培养合格的音乐教师及教育研究人员，以及音乐学理论科研人员。此外，还担负着新疆少数民族音乐的教育与科研工作。系主任：马生福（讲师）
音乐教育系主任：王生耀（教授、硕士生导师）
音乐教育系教研室设置：
史论教研室： 主要从事音乐基本理论、中外音乐史理论及相关技能的教学与实践、专业理论的科研与应用
工作。
教研室主任：陈怡（讲师）
技术理论教研室：主要从事音乐基本理论、作曲技术理论及相关技能的教学与实践、专业理论的科研与应 用
工作。
教研室主任：李莉（讲师）
声乐教研室：主要从事音乐学专业本专科生的声乐教学与实践工作。
教研室主任：张力泉（副教授、硕士生导师）
器乐教研室： 主要从事音乐学专业本专科生的器乐教学与实践工作。
教研室主任：刘伊力（副教授）
音乐表演系
音乐表演系是撤系建院以来新成立的系部机构，主要从事音乐表演专业的器乐演奏方向、声乐演唱方向及舞蹈表演等方向相关的教学与科研工作，招生与教学对象为音乐表演专业的本科学生，主要任务是为社会输送优秀的音乐表演人才及音乐表演理论研究人员。此外，担负着新疆师范大学音乐学院的各类音乐会演出及参加各级音乐表演比赛的任务。
音乐表演系主任：王茗（教授、硕士生导师）
音乐表演系教研室设置：
声乐教研室：主要从事声乐表演的教学与实践、专业理论的科研与应用工作。
教研室主任：张力泉（副教授、硕士生导师）
器乐教研室：主要从事器乐表演的教学与实践、专业理论的科研与应用工作。
教研室主任：王茗（教授、硕士生导师）
民族乐器教研室：主要从事民族乐器的教学与实践、专业理论的科研与应用工作。
教研室主任：巴吐尔（副教授）
管弦合唱教研室：邓文欢
