福建师范大学音乐学院的历史可以追溯到1938年的华南女子文理学院 。1952年福建师范学院设立音乐专修科。1958年福建师范学院系所调整后，一度并入艺术系。1985年1月音乐系成立，1993年12月，经福建省教委批准以美术、音乐两系为基础成立艺术学院，音乐系成为隶属于艺术学院的两个系之一。2003年12月在音乐系的基础上组建音乐学院。
近10年来，学院已发展成为国内实力较强的高师音乐学院。全院现有教职员工101人，专任教师86人，其中教授13人、副教授31人。音乐学院拥有全国高师院校最早的音乐学博士点，“国家体育与艺术师资培养培训基地”、国家级音乐教育人才培养创新实验区、国家级高等学校音乐学特色专业建设点。
音乐学学科为福建省重点学科。学科带头人博士生导师王耀华教授为原福建省政协副主席、国家级有突出贡献的中青年专家、著名民族音乐学家、国务院学位委员会艺术学科组成员、国家级教学名师。中国传统音乐理论、西方音乐史学、音乐教育学研究、闽台音乐研究是音乐学研究特色，其部分成果居于国内领先地位，在国际上也有一定声誉。
音乐学院现已形成涵盖音乐学博士点、艺术学一级学科博士后科研流动站、艺术学一级学科硕士学位授权点、三个二级学科硕士点、一个艺术硕士（MFA）专业学位点、音乐学本科（国家基地班）、音乐学本科（师范类）、音乐表演本科、舞蹈学本科（师范类）等多层次办学体系。
近10年来，音乐学院教学科研成果显著。教师学生共获国家级、部省级政府奖60多项。获全国艺术科学、全国教育科学国家社科基金项目20多项、获教育部人文社科与教育部教育科学规划项目10多项、获福建省社会科学规划项目10多项。其中较为突出的有：
《福建传统音乐》获得中国高校人文社会科学优秀成果一等奖。《高师音乐教学综合改革》和《“民族音乐学及其教育”硕士研究生主干专业课程教材建设》先后获得国家级优秀教学成果二等奖。《世界民族音乐》获国家级精品课程。《琉球·中国音乐比较》、《三弦艺术论》、《中国传统音乐概论》、《欧洲音乐文化史论稿——中国人视野中的欧洲音乐》、《琉球御座乐与中国音乐》、《反思·求索——关于西方20世纪“新音乐”若干问题的思考》分别获得第一、二、四、五、六、七届福建省社会科学优秀成果奖一等奖。民乐三重奏《节日榕城》获第五届福建省文艺百花奖一等奖。
音乐学博士生李玫博士学位论文被评为2002年“全国百篇优秀博士论文”。音乐学本科毕业生孙砾在2002年中央电视台举办的第十届“全国青年歌手电视大奖赛”中获美声唱法金奖。以我院学生选送的音乐舞蹈节目在1999年全国大学生艺术节中获11个奖项。在2001年全国首届电视主持人大赛中进入前10名的选手有3名是我校学生，其中1名是音乐学院学生。在2005年“全国首届大学生艺术展演”中，音乐学院获得两项专业组一等奖。2006年，我院合唱队参加“第四届世界合唱节”获得金奖银牌。2008年，在中国音协主办的“放歌海西——中国福州首届海峡两岸合唱节”中，我院合唱团获得金茉莉奖和优秀指挥奖。
音乐学院曾举办过近10次国际学术会议，与日本冲绳艺术大学等校建立姐妹学校关系，与加拿大多伦多音乐学院、台湾师范大学音乐学院签定合作办学意向书，与美国、英国、法国、日本、菲律宾等国家的音乐舞蹈界同行进行学术交流。目前，音乐学院全体教职员工正为把音乐学院建设成为具有一定国际影响的新型高师音乐学院而努力。
