为了保护乐器，每隔几天要进行严格的保养。乐器不用时，应存放于乐器盒内。笛头和管体应分别用布包好，并将它们靠紧放入乐器盒内的附件仓中，乐器携带必须小心，即使乐器放在盒中，如果遭到碰撞或掷落于地，也可能受到严重的损坏。
使用一块不带毛绒的布擦试乐器外表。键子和条杆下的灰尘可以用普通的羽毛或纱线类型的拭刷清除。将乐器存放于无尘条件下可以延长软垫的使用寿命，并且保证它们始终正确就位。
即使没有出现明显的演奏困难，每年也应将乐器彻底检查和调整一次。发现磨损严重的软垫，根据需要更换它们。鉴于调整和修理乐器需要专门的知识和技艺，学生不应自己动手试着调整和修理乐器，最好送到修理部请专业人员维修。
有时软垫会发生粘着现象，这是因为潮气和灰尘在软垫的折纹中混合到了一起。出现这种现象时，可将一块干净的手绢或者一块薄布置于软垫的一面，并轻轻地压下键子，按住键子时，将布来回蹭几次。采用一小片眼镜片清洁纸也能较好的从事这种清洁工作。大约每个月都应用此法将所有的软垫清洁一次。如果软垫仍然出现粘着现象，应更换新的软垫。
有些人的汗液中含有大量的酸性物质，它们会侵蚀乐器表面。虽然此种现象令人烦恼，但这对乐器的演奏质量没有影响。每次演奏之后，擦试乐器的键子和管体可以减缓这种化学反应造成的影响。
每个月都应使用牙签蘸一点油往所有的摩擦部位滴一点油。因为键子油很容易散开流淌，所以点上油之后必须立即将过剩的油擦掉。要特别当心，防止软垫上沾上油，油会损坏软垫。
长笛是一件相当精密的机械组合器件，要像对待精密仪器那样使用和爱护它。仔细保养乐器可以使其始终处于最好状态，延长它的使用寿命，给演奏带来便利。
