吕嘉出生于上海的一个音乐世家，从小随父母学习钢琴和大提琴。后入北京中央音乐学院学习指挥，师从著名指挥家郑小瑛女士，1987年，以全院最高分的成绩提前一年跳级毕业。1989年，前往德国柏林艺术大学继续深造，师从著名教授汉斯•马丁•拉宾斯坦及罗伯特•沃尔夫。
作为第一位指挥芝加哥交响乐团、第一位灌录德国作曲家门德尔松全套交响乐作品的华人指挥家，他指挥的交响音乐，尤其是对德国和法国印象派作品的诠释，更被评为「极有说服力的音乐诠释」与「感人的音乐语言及无懈可击的指挥技术」。
歌剧在吕嘉的指挥生涯中占据着特殊地位，在歌剧的故乡意大利和德国，吕嘉曾指挥的歌剧剧目有近五十部。作为第一位在意大利国家歌剧院担任总监的亚洲指挥家，被意大利的音乐评论誉为「比意大利人更懂得意大利歌剧的指挥家」。1989年9月，他在意大利的「安东奥比特洛堤国际指挥大奖赛」获得第一名及评委特别奖，从此开始了他的国际指挥生涯。1998年，他指挥的威尔第歌剧《茶花女》被意大利「马切拉塔歌剧节」评为最佳诠释。2005年，由于吕嘉对意大利音乐文化的突出贡献，总统纳波利塔诺为他颁发了总统杯。2008年，在意大利比萨罗市的「罗西尼歌剧节」中，吕嘉的《贼鹊》又被评为年度最佳歌剧。
目前，他担任西班牙桑塔•克鲁兹•特内里费交响乐团的艺术总监，同时出任中国国家大剧院歌剧总监及大连艺术学院名誉院长。自2008年9月起，他正式成为澳门乐团音乐总监兼首席指挥。
