马头琴的木料是色木（枫木，也叫五角枫），不管是再好的马头琴，她的主要木料是色木。但色木分很多种，常用的马头琴木料有四种：南方普通色木，东北普通色木及东北花色木。
南方色木（普通色木和花色木）因成长速度快而木质软，但白净。用它做的琴外观比较白（没有着色的部分）但音质不是很理想，高档马头琴不选用南方料。
北方色木（普通色木和花色木），一般生长时间为几百年（直径45CM以上，有的达到80CM）在严寒漫长的岁月中形成了坚硬的木质，但恶劣气候使年轮或颜色有了不一致的特点。用它做的马头琴音色悠远浑厚，尤其东北花色木做的马头琴外观漂亮为马头琴之珍品。
花色木（也叫虎皮纹色木）是做乐器的高档木料，尤其东北花色木是做马头琴的最好木料，用它做的马头琴表面有立体感，极为高贵。但他对音质没有直接影响。
所以木料角度首选是东北色木，再就是南方色木，如今市场因色木（乐器专用料）的涨价，出现了很多花木或其他木料做的马头琴，这种琴从用料角度说不算正规的马头琴。 马头琴不是谁都能做的，她有着蒙古族的独特风格，所以蒙古人做的马头琴才是正宗的马头琴，如今旅游点或一些场所出现有着类似玉雕形状马头的马头琴，虽然外观是马头，但绝对不是真正马头琴的外观。工艺精细度也有很大差异。尤其网上销售的马头琴没有高清晰大图片效果的马头琴绝对不能买。
不能买经销的，必须了解做琴师的情况，产量和信誉度。经销中间必有利（尤其是网上），越便宜越不能买，真正马头琴的材料和工艺不会太低廉。
马头琴的指板通常是红木或乌木做的，乌木的档次较高，用其他木料做的均属非正规。面板为桐木或白松（鱼鳞松）。
共鸣箱的背板，一些厂家为了盈利把马头琴共鸣箱的背板用胶合板代替或整个共鸣箱洋胶合板做，鉴别这种琴的办法是从面板孔看共鸣箱的里面结构。胶合板做的共鸣箱背板里面有贴层，很容易识别。
