除歌剧外，巴赫的创作涉及了巴洛克时期的大多数音乐体裁。他最初的写作都符合于他所处的特定位置，他的作品亦可据此分类：在阿恩施塔特、米尔豪森和魏玛，他都任管风琴师，所以写了大量的管风琴作品。在科腾，他没有写教堂音乐，而是创作了大量的古钢琴和器乐合奏作品，还有用于教学、家庭或宫廷的娱乐音乐。在莱比锡的最初几年，是他的康塔塔和其他教堂音乐最多产的时期，其重要和成熟的管风琴即古钢琴作品也出自此时期。
由于笃信宗教，他的作品以宗教音乐和复调音乐为主，构思严密，感情内在，富于哲理性和逻辑性。他把路德教派新教的众赞歌和教会乐器管风琴当作自己的创作素材和音响构思的核心，但他又受到资产阶级启蒙思想的影响，这使他的作品具有丰富的世俗情感和大胆的革新精神。所以，主调和复调，和声与对位在他的作品中得到结合；宗教和世俗，完善和创新都和谐地融合在他的作品中。
此外，因其终身孜孜不倦的努力，博采众长，综合了德国、法国、意大利的音乐元素。例如德国音乐丰富的乐思和对位艺术，意大利弦乐音乐，特别是安东尼奥·维瓦尔第简练的主题、清晰的和声布局、持续连贯的节奏，法国羽管键琴生动的织体、法国歌剧序曲鲜明的色彩和对旋律的装饰，形成既具有个人特征，又有国际性的音乐风格。
