古琴曲《流水》历史悠久。明代朱权《神奇秘谱》中《高山》、《流水》的题解记载：“《高山》、《流水》二曲本只一曲。初，志在乎高山，言仁者乐山之意。后，志在乎流水，言智者乐水之意。至唐分为两曲，不分段数，至宋分《高山》为四段，《流水》为八段”。
琴之界古琴谱库中有《神奇秘谱》、《西麓堂琴统》、《风宣玄品》、《玉梧琴谱》、《真传正宗琴谱》、《藏春坞琴谱》、《徽言秘旨》、《颖阳琴谱》、《自远堂琴谱》等四十余部琴谱收录此曲。
《重修真传琴谱》中歌词、段标题原文：
笫一段 长江万里
水东流，长江万里悠悠，滔滔注海无休。梦醒怕听彻夜，诗馀厌对高秋。又谁忧，年光有限，肯为那人留。一叶扁舟，有客遨游。志乎那江海务藏脩。纶竿伴侣，鸥鸟朋俦。功名草芥，富贵等浮鸥。云梦远，楚天遥，江声雨，带寒潮。靑岸溟烟消，波光淼淼浸靑霄。银浪里那白鱼跳。
笫二段 一派千浔
滔滔一派千浔，古尤今。古今遥看就下，谁谓那无心。去骎骎，江声流尽光阴。思难禁，思难禁，地杳天沉。风涛雪浪，月渚云岑。忆登临，流水觅知音。扁舟扬子江浔，溷溷发长吟。长吟。风飡水宿，消涤那烦禁。烦禁那消涤，渔人那终绎。友结也相为知识。一任来南去北，风浪里那寄萍踪梗迹。天公自有安排也。寄语不须着尽，不须着尽。
笫三段 汪洋注海
汪洋注海，宇宙也恢恢。赋性去无回，日相催。当俯仰，重徘徊，急流涌退心何悔，世事也难猜。浪卷那云飞，珠联那玉碎，绿为罗，靑作带。决金堤，流玉塞。千浔万派，不息无穷，天浮地载。地载。究本远朝，施功深灌漑，吾民同泽沛。楚江涯，行人游子，谩惬幽怀。
第四段 缥缈澄江
如练也，净澄江。两川九派茫茫，拟出天潢。吴门泛月，晓秋楚岸涵霜。雨过连天弄碧，云开映曰浮光。半凝彭蠡潇湘，潇湘。落霞孤惊，佳致不凡常。水云长，酒兴与诗肠。世虑俱忘，？情客思，异域殊方。莼鲈泽国，松菊家鄕。东流不尽，日月奔忙。鸣鸣咽咽也送尽斜阳。
第五段 就下朝空
滔滔那就下朝宗，万折必藤藤。那望来天影接，接，接，疑与海门通。滚滚潺潺不尽，拖裙那浩浩无穷，四海来同。地天碧玉壶中，分明人世水晶宫。宫，浪起腥风，春雷隐隐动鱼龙，化机妙夺天公。看渔翁醉眠明月半推蓬，扁舟荡漾屏踪。虽没意，却有云从。
第六段 古今昼夜
古今昼夜，流尽那年华。溷溷源泉不舍，碧波风动看飞花。那贾客的帆樯高下，影落那谁家。兴无涯，怀古闲愁供写，落日那浴寒鸦。浴寒鸦，退潮初罢，千年往事堪磋。古今也人，古今人也，？情嚼蜡，世事若搏沙。空叹如斯逝者，渭水磻江也临波人画，呜咽囃悲笳。悠悠也无明彻夜，何人犯斗乘槎。
笫七段 汨汨东流
东流溷溷无停，万殊一本融凝，寒波涨不平。红映处，日初生。浮绿处，晚云中。世事难评，细听昼夜江声，谁辱又谁荣。悠悠赤壁，王业功成。急急鸟江，霸图呵那无定。舒情晚对洞庭，量阔纵横。雁浮鱼落，聊语平生。与谁争，桑田沧海频更，时事花落风灯。流水也滔滔不还，那更无情。休问前程，为人也自当醒。
笫八段 乐在智人
乐在那知人，吴楚江濵。沧浪细和，鸥鸟往来频，渔翁重结邻。闲非闲是不沾唇，汪汪度量无伦。愿相间，心情流水，踪迹行云。性湍然愁闻剑戟乐天眞，怕惹风尘。风尘。
另附《神奇秘谱》流水图一、图二：
