由宋入元，文人的地位一落千丈。科举的废除，更是对汉族文人的心灵、思想和精神追求产生极大的伤害。元代隐逸风气的炽盛，造就了雅洁淡逸、苍茫沉郁的元人山水，而古琴音乐则成为这些文人心灵的慰籍。元四家中的黄公望、王蒙、倪云林、吴镇都爱好古琴。如倪云林藏琴极丰，他隐居于太湖边，日以琴、书、画自娱，他的画风天真幽淡，萧杀寂寞，自有一种荒凉空寂、疏简消沉的趣味。
元代非汉族文人中，精于琴者当推耶律楚材（1190——1244年）。耶律楚材字晋卿，号湛然居士，为辽东丹王突欲八世孙，仕元至中书令。耶律楚材学琴于弭大用、苗秀实、万松老人等，弹奏过不少琴曲，尤长于《水仙操》、《广陵散》。他的诗文中有许多关于琴人、琴曲的论述。他每得新谱，都要找苗秀实“商确妙意，然后弹之”。苗秀实是金元时期的著名琴家，曾被荐为琴待诏，颇得金章宗完颜璟的欣赏。由于苗在京师的声誉很高，“朝廷王公大人邀请栖岩者无虚日”，致使耶律楚材不能经常和他“对指传声”，因此“每以为恨”。耶律楚材仕元后，竭力向元世祖推荐苗秀实。苗秀实之子苗兰，把父亲的遗谱40多首拿出来，请耶律楚材作序。耶律楚材在序中说：“予按之，果为绝声，大率署令卫仲儒之所传也。”耶律楚材因扈从羽猎脚部负伤，借休养的机会，和苗兰对弹操弄五十多曲，“于是栖岩妙旨尽得之”。他认为苗的演奏“如蜀声之峻急，快人耳目！”
元代斫琴名家有朱致远等，目前在博物馆和民间尚有朱致远所制琴存世。湖北省博物馆所藏元代 “玉泉”琴，仲尼式，全长120.5、肩宽20.0厘米。桐木髹黑漆，呈蛇腹断纹。琴面外侧有纯金徽13颗。“玉泉”琴曾为明代徐文溥所珍藏。
