剧中人物：
- 萨拉斯特罗 大祭司 男低音
- 夜女王 女高音
- 帕米娜 公主，夜女王之女 女高音
- 塔米诺 王子 男高音
- 帕帕盖诺 王子的随从捕鸟人 男中音
- 帕帕盖娜 捕鸟人之妻女捕鸟人 女高音
- 莫诺斯·塔托斯 摩尔黑人 男高音
- 侍女甲、乙、丙三人 女高音、女中音、女低音
- 少年甲、乙、丙三人 女高音、女中音、女低音
- 武装男士甲乙 男高音、男低音
- 祭司、妇女、小厮、仙女、野兽等。
故事发生于古代，约在埃及拉米西斯一世的时代，地点在孟菲斯的爱昔斯神庙内及其附近。
剧情大纲
在逝去的年代里，世界一度陷入失衡的状态。日和夜，阴和阳，决然的分开了。在夜的世界里，万物无法繁殖。在日的领域里，万物得不到休养生息。人类苦不堪言，却无法知道，为何世界乱了秩序?唯有认为，这是一个诅咒。
第一幕
在遥远东方的一个小国，王子塔米诺，别离家园。希望能找到解除诅咒的方法。
第一景
夜之女王arrival. Stage set by Karl Friedrich Schinkel (1781–1841) for an 1815 production
流浪途中，在穿越日和夜的分界时，塔米诺遇到了一条凶恶的大妖龙，就在和它恶斗、力尽不支而昏迷的时候，为夜之女王的三位侍女所救。在这里塔米诺认识了一位天真快乐的捕鸟人巴巴吉诺。并从三位侍女处得知夜之女王的女儿帕蜜娜公主，被妖人萨拉斯妥拐禁在日之界。这个妖人，曾经是帕蜜娜父亲的得力助手。当公主之父过世后，他偷走了大日轮。从此日和夜便分开了。
第二景
王子看到帕蜜娜的画像，顿生爱慕之心。立誓要救出公主。
第三景
夜之女王把帕蜜娜许配给塔米诺，并赠给王子一支魔笛，也赠予巴巴吉诺一具魔铃，这两件逢凶化吉的法器。另派三个仙童带路，好去救出小公主。夺回大日轮，恢复世界的秩序。
第四景
美貌温柔的帕蜜娜公主，不堪看守摩罗的骚扰，决心出逃却不幸失败，在挣扎中昏倒。就在这时，和王子失散的巴巴吉诺正好经过，他奇特的捕鸟装扮吓走了摩罗。巴巴吉诺告诉公主，夜之女王找到了一位英俊勇敢的王子前来救她，帕蜜娜听了好生欢喜。
第五景
在三个仙童的引导下，王子塔米诺来到了日之界。那儿有三个入口，分别是慧(理性)、天(自然)、悟(智慧)。塔米诺试了慧和天，却被神秘的声音所斥回，王子并不就此而灰心，他接着走向悟，这时有一位辩者从悟走出来。辩者告诉塔米诺，萨拉斯妥并不是如王子所想的这样是一个恶魔，相反地，他是一位有大爱的圣者，正在努力恢复世界的平衡，重建人间天堂。
由于夜之女王想要以迷信、仇恨和奴役来统治世界，帕蜜娜之父在死前把大日轮交给了大祭司。为了不让帕蜜娜公主受到夜之女王复仇思想的影响，所以把她留在日之界。任何人如果想要进入日之界，必须通过考验。塔米诺对辩者的话半信半疑，准备离开，但在听到神秘声音说帕蜜娜边活着时，为了救出公主，塔米诺决定接受考验。
第六景
在等待中，塔米诺吹起笛子，美妙动听，林间的动物都出来共舞，令他心旷神怡，也感受了魔笛的法力。他心中想着帕蜜娜，笛声更高扬。远处传来巴巴吉诺的排笛声，王子便循声寻找。
第七景
帕蜜娜和巴巴吉诺听到王子的笛声更加快脚步，同笛声的方向跑去。不巧又被摩罗率众啰喽赶上前来。巴巴吉诺情急之余，祭出魔铃。摩罗和众啰喽们从未听过这种天音，乐得手舞足蹈。与被铃声所引来的动物一起拥舞进了林间。
第八景
两人才刚松了一口气。不巧又碰上萨拉斯妥出巡到来。巴巴吉诺吓得四处躲藏，公主则决定说出为何要逃跑的原因。萨拉斯妥宽恕了帕蜜娜，但还是不准她回夜之界去见夜之女王。这时辩者带领塔米诺到来，虽然素昧平生，然而俩人心有灵犀且一见钟情，立即相拥在一起，互许了终身。
第二幕
第九景
世界各地智者，为了解决日夜不调所引起的民生疾苦，纷纷前来加入萨拉斯妥，群聚苦思解决之道。萨拉斯妥告知他们，由于一个年轻王子的来到，日夜圆融可期。因为帕蜜娜怀有启动阴，也就是夜的月轮，和大日轮结合，日夜循环就恢复了。塔米诺年龄出身足以和帕蜜娜相配，同时他具有美德，既勇敢又仁慈，当王子通过测验后，也就是他让贤的时后。世界秩序将由年轻的一对来重建。由于测验非凡人肉身所能承受，萨拉斯妥向天神祝祷，祈求赐给力量。祈祷后，为激励塔米诺，大祭司使唤帕蜜娜来和王子一见。帕蜜娜苦求王子不要接受这凡身无法通过的试验，然而王子已下了决心。
第十景
两位僧人前来为塔米诺和巴巴吉诺作测验的准备。王子一心只想救出公主，意志非常坚定。捕鸟人则是不情不愿的。僧人说：“想不想要一个芭芭吉娜呀?”巴巴吉诺才勉强留了下来。俩位僧人离去后，三个侍女从地底钻出来，要塔米诺和巴巴吉诺跟着她们离开。因为这个考验并不是凡身所能承受，恐有性命之忧。但塔米诺不为所动。三个侍女的动静被发现后，祭司召来大雷把她们轰回了地底。两位僧人进来恭喜塔米诺和巴巴吉诺，测验通过了。
第十一景
在萨拉斯妥圣殿后花园里，美丽的帕蜜娜公主在花丛中睡着了。不死心的摩罗蹑手蹑脚的进来。看到帕蜜娜的美睡姿，又起心想偷吻公主，却被突然现身的夜之女王吓得躲了起来。夜之女王认为塔米诺受了萨拉斯妥的影响，已经背叛了她。大怒地拿出一把银匕首来，要帕蜜娜杀了大祭司，不然母女永远不会团圆。自从大日轮到了萨拉斯妥的手上之后，夜之女王的法力渐渐地在消退。然而公主却不认为这是背叛。因为她死去的父亲，生前非常认同萨拉斯妥的理想，一度想要加入他的僧团。
夜之女王呼唤了所有的复仇之神的名字后，怒气冲冲的离去。在一旁窃听的摩罗立即跑出来威胁公主，被萨拉斯妥斥退。帕蜜娜向萨拉斯妥求情，请他放过她的母亲。大祭司说：他知道夜之女王及其随从正潜入了圣殿地底，四处找寻复仇的机会，但是她们不会得逞的。他也不会以报复的方式去对待她们。因为在这神圣的地方，只有爱和宽恕才能使人类得救，重建一个更好的世界。
第十二景
塔米诺和巴巴吉诺的第二个测验是沉默。捕鸟人不理王子一再的提醒，直吵着要喝水，就来了一个样子丑陋的小老太婆，拿了一杯水给他，又说她芳龄十八，有一个男朋友名叫巴巴吉诺，捕鸟人正错愕间，一声大雷轰走了她，也叫巴巴吉诺吓破了胆。这时三位仙童把被僧人收走的魔笛和魔铃带来，又送了一桌酒菜，巴巴吉诺酒醉饭饱之余，聒噪不休。塔米诺则吹着魔笛，心里想着公主。帕蜜娜循笛声到来，见到塔米诺就满心欢喜，然而王子却不理她，爱说话的巴巴吉诺在这时偏偏想起之前的大雷声，也不答公主的话。帕蜜娜以为王子变了心，伤心而去。
第十三景
在道场里，萨拉斯妥和众智者感谢天神让塔米诺通过了头两个考验。接下来就是危险的火和水的考验。
第十四景
虽然没有通过第二次测验，然而巴巴吉诺漫不在乎，僧人告诉他已经没了加入日之界最高层的希望，不过天神懒得罚他了。乐天的捕鸟人只吵着要喝酒，因为这些有关世界什么的话，还不如一杯好酒来得实在。巴巴吉诺被留在洞穴里，也得了一大杯酒。喝得兴起，唱起酒歌来，但恨没有女人作伴。那位被大雷轰走的小老太婆又出现了，并说如果巴巴吉诺不答应娶她，那他就终生出不了这里，捕鸟人勉强答应了。小老太婆现出本相来，原来是一个年轻可爱的小姐儿且身穿捕鸟装，名叫芭芭吉娜。俩人正要相拥，僧人出现强拉走了芭芭吉娜。
第十五景
Tamino and Pamina undergo their final trial; watercolor by Max Slevogt (1868–1932)
伤心欲绝的帕蜜娜公主，以为永远见不到塔米诺了，想要用夜之女王给她刺杀萨拉斯妥的银匕首自杀。三位仙童及时到来，告诉公主王子没有变心，为了对人类的大爱，塔米诺已把自身性命置之度外。
第十六景
在面对火和水的测验时，帕蜜娜及时赶到，愿和王子死生与共。魔笛本是帕蜜娜之父采千年古木，在二个电闪雷鸣，风雨交加的特殊时辰制成。只要吹着它，任何危险都可安然度过。在帕蜜娜的陪伴下，塔米诺吹起魔笛，通过了火与水的考验，脱胎换骨，成为日之男的一份子。
第十七景
巴巴吉诺四处的找寻芭芭吉娜不果，最后决定使用苦肉计，希望可感动天神还他芭芭吉娜。他试着以上吊来博取同情，可惜无效。幸好三位仙童又及时的来到，并教他使用魔铃，果不其然的叫出了芭芭吉娜。共结连理，作一对快活的人间夫妻。
第十八景
摩罗恼羞成怒，便去游说夜之女王。夜之女王答应将帕蜜娜公主赏赐给他，条件是带领她们一行人从地底密道进入萨拉斯妥神殿里，好把七环大日轮抢回，从而以她的方式来统治世界。在进到地底不久摩罗误触机关，这条密道就永远的被封了起来。
第十九景
在神殿里，萨拉斯妥把大日轮传给了塔米诺。从此阴阳和谐，世界的秩序也恢复了。
降e大调的序曲由强有力的庄重和弦开始，暗示“夜女王”的威严。在小提琴优雅的序奏后，进入莫扎特最拿手的、精巧的赋格曲段落，由各种乐器反覆展开后，呈现出一幅绮丽的音画，那清澄晶亮的色彩，如同由阳光与花香、幸福与欢笑所交织而成的。序曲的尾声充满了柔美、宁静的气氛。
