29岁的穆索尔斯基从1868年开始，几乎用6年的岁月，才完成他唯一的一部歌剧《鲍利斯·戈东诺夫》，那是以俄罗斯历史上的皇帝鲍利斯.戈东诺夫为剧中主角的特大型作品。歌剧的剧本是以普希金的戏剧为蓝本、参照卡拉姆金的《俄罗斯国史》，由穆索尔斯基亲自写成的。然而，最先给他指出这部题材并且建议他写成歌剧的却是普希金研究家、史学家尼柯里斯基。那时，穆索尔斯基正在为果戈里的喜剧《结婚》作曲；但是，当他接受了尼柯里斯基的建议之后，就立即放下一切其它工作，专心致志地埋头《鲍利斯·戈东诺夫》的创作。第二年夏天，他完成了钢琴谱，年底，完成了总谱。
他选为这部歌剧主角的鲍利斯·戈东诺夫，是生于1552年，1605年去世的真实人物。他出身于塔塔尔贵族，出入宫廷，成为伊凡四世的宠臣。他把自己的妹妹嫁给伊凡四世的儿子费奥多尔为妻，获得俄罗斯王室的外戚的地位。进而，在伊凡四世死后，他成为王位继承人费奥多尔的摄政王，独揽大权，是一位精明强干的政治家。
费奥多尔一世与其父“伊凡雷帝”相比简直是个不肖之子，他自幼体弱，而且一味地笃信神灵，所以，他仅仅是任人摆布的傀儡，因而，鲍利斯把持国政，随心所欲。费奥多尔浑浑噩噩在位14年，1598年无嗣而逝。伊凡雷帝还有一个儿子德米特里，但已被人暗杀，所以，费奥多尔的死实际上意味着俄罗斯王朝的血统已经断绝。德米特里究竟被谁杀死，无从查访；但是，许多史学家怀疑是鲍利斯．戈东诺夫所为。普希金的戏剧里也是据此观点写的。穆索尔斯基也采取了这个观点，歌剧中的鲍利斯为了达到政治野心，命令部下杀害了德米特里，。等待费奥多尔一世死后他就能稳坐王位了。但是，他受到良心的苛责，被无尽的痛苦折磨着。
这部歌剧(包括序幕)一共四幕，故事发生在1598年至1605年之间，以俄国和波兰为舞台。
序幕：在短短的前奏当中幕启，舞台上是莫斯科附近的诺沃德维奇修道院的后院。刚刚死去的皇帝费奥多尔一世的摄政王鲍利斯．戈东诺夫因涉嫌暗杀费奥多尔一世的异母兄德米特里，隐居在修道院里。这时，群众涌来，要求鲍利斯即皇位。鲍利斯先表示谦让，然后以国民的强烈要求为借口，接受皇位。加冕仪式之后，鲍利斯接受国民的祝福。然而，他深受良苛责，独唱：“我的灵魂感到悲伤”。
第一幕
契德威修道院的僧房。
老僧皮敏正在编写俄罗斯史，他写下鲍利斯暗杀德米特里’然后搁笔。这时，睡在他身旁的青年僧人格里高利醒来，他从皮敏口中得知皇帝鲍利斯的秘密，而且，他探知被暗杀的德米特里如果在世，和他年龄相仿。于是，他产生了荒唐的野心．他想冒充德米特里登上皇位。
紧接第二场。
场面一换而为立陶宛国境附近的小客店。企图逃往国外的青年僧侣格利高里冒名德米特里，他和破戒僧瓦尔拉姆以及米歇尔一同到达客店。瓦尔拉姆正在兴高采烈地喧闹，追兵手持画像前来追捕，格利高里趁机逃走，
第二幕
克里姆林宫内的一室。鲍利斯指着地图对费奥多尔说道：“如此广衰的俄罗斯国土，即将属于你”，演唱著名的宣叙调和咏叹调。这时，传来叛军消息，鲍利斯听说叛军首领名叫德米特里，不胜惶恐，他惧怕报应降临．
第三幕
这一幕是后加的，与故事的主线无关。这一幕是圣米勒的波兰贵族穆尼修克的女儿和她的未婚夫格利高里的恋爱场面。
第四幕第一场
红色的广场。华西里·布拉金努伊寺院前，饥民聚集，要求面见皇帝。这时，以鲍利斯为先导，贵族们鱼贯走出寺院，人们向皇帝献面包，祝福。只有一个白痴诅咒他。
第二场
克里姆林宫豪华的大厅里。贵族们正在开会，商讨应付叛乱的对策。这时，有人报告，皇帝疯了。鲍利斯在众人惊恐之中出现，胡言乱语。一会儿，鲍利斯恢复平静，老僧皮敏求见，报告他已参谒了德米特里坟墓，鲍利斯昏倒。鲍利斯苏醒，自知死期来临，叫来费奥多尔，独唱著名的歌段《鲍利斯告别》，在悲伤的钟声里气绝身亡。
第三场
这是这部歌剧的最后一场。在克罗米大森林里。冒充德米特里的格利高里煽动农民暴动，攻入莫斯科市内。最后，台上剩下那个白痴，他说道：“哭泣吧，你们这些民众，你们的命运就要决定了，黑暗即将笼罩大地。可悲的大地哟，你也哭泣吧。俄罗斯的人民，哭泣吧，饥饿的人民! 他的话预示了俄国的未来。
以俄国的题材来谋求创作新音乐的“俄国五人团”的成员们．对穆索尔斯基这一新作品的诞生表示了极大的喜悦。穆索尔斯基立刻向彼得堡皇家剧院委员会提出演出申请，交上了总谱。但是，剧院对这部作品反应冷淡，没批准。表面上的理由是这部歌剧把重点放在重唱和合唱上，没有女主角的咏叹调；其实，委员会的真正的意见是这部歌剧的内容过于阴暗，过于提倡社会革新，它打破了以往的歌剧框架，引起了他们的不满。委员会的决定使穆索尔斯基沮丧，但他并未灰心，他根据委员会的指示改写，添加了原来没有的第三幕。
1872年春，再次向委员会提交了总谱。不料，这一次，委员会仍然拒绝演出。就在穆索尔斯基和剧场比赛耐性的当儿，有影响的歌手中出现了对这部歌剧的支持者，·这才使歌剧有了一线曙光。首先，1873年，在马林斯基剧院公演了本剧中的第三幕，获得好评。尽管如此，皇家剧院委员会依然坚持原来意见，继续拒绝批准演出。然而，就在这时，出现了意想不到的突破口。著名歌星普拉特诺娃提出，她参加慈善义演时必须演出《鲍利斯·戈东诺夫》，剧院让步了。于是，1874年2月8日，在马林斯基剧院公演了《鲍利斯·戈东诺夫》全剧。这是俄国歌剧史上重要的一页，也是世界歌剧史上值得纪念的一天。民众热烈地欢迎这部歌剧的演出，评论界却很冷淡。特别使穆索尔斯基伤心的是“五人团”作曲家之间意见分歧，和他最亲密的里姆斯基一科萨科夫表示支持，但是，居伊指责这部作品还不成熟，在剧作上有许多缺点，无法接受。穆索尔斯基一向对保守派评论家的挑剔一笑置之，而对内部这样的责难却非常痛心，他感到被出卖了。
虽然受到群众的欢迎，但是，剧院仍不肯接受全剧的演出。原因恰如里姆斯基一科萨科夫在《音乐年代记》中所说：“原因在于皇室对这部歌剧的不满”。穆索尔斯基因为这部歌剧的演出受到了极大的打击。失意之余，更加嗜酒。鲍罗丁给妻子的信中描述穆索尔斯基的情况道：“穆索尔斯基更由Ⅱ嗜酒了，每天都去酒店，……他常常闷闷不乐、低头不语。但是．过一会儿，他又恢复正常，快活地、讨人喜欢地显示出娆的聪明。太可怜了。” 最后他终丁变得和废人一样了。1881年8月，年仅42岁的穆索尔斯基就与世长辞了。遗留下《鲍利斯·戈东诺夫》那样伟大杰作的人，下场未免太凄惨了。他死后，他的许多作品获得重新评价，歌剧《鲍利斯·戈东诺夫》也是其中之一。
格劳德在他的名著《歌剧史》中叙述道： “通过《鲍利斯·戈东诺夫》，穆索尔斯基为19世纪的歌剧筑起了一座高峰。它既是俄罗斯歌剧的纪念碑，同时又是充满个性的，无与伦比的作品。”而且，他为这部歌剧使用的管弦乐配器法也得到了承认，现在的演出已不再使用里姆斯基一科萨科夫的改订本，而用他的原本，如果穆索尔斯基地下有知，也该瞑目了。
列宁格勒的亚历山大·涅夫斯基修道院里有一个契夫宾墓地，它以俄国的著名文学家和音乐家的坟墓群集而驰名。进门向右，那是陀斯妥耶夫斯基墓，往里走，差不多正当中是柴科夫斯基墓，他的右侧排列着“俄国五人团”的墓。当然，穆索尔斯墓也在其中。
